In de organische scheikunde is een oligomeer een chemische verbinding die uit een beperkt aantal monomeren bestaat. Ook kan de oligomeer uit een aantal eiwitten worden gevormd.
Raffinose is een voorbeeld van een oligomeer, het bestaat uit drie monomeren. Het is een een oligosacharide die plantencellen beschermt tegen kou en droogte.
Met oligomeren van suikers kunnen lichaamscellen worden herkend. Ook kunnen de bloedgroepen worden herkend aan het verschil van oligomeren in de celwand van de rode bloedlichaampjes. Bij infecties kunnen de ziekmakers ook vaak aan de oligomeren worden herkend.
Oligomeer is de aanduiding voor een groep van dergelijke verbindingen. Wanneer het om het aantal onderdelen gaat dat wordt samengevoegd kan het ook een meer specifieke naam krijgen. Zo is het bovenstaande voorbeeld een trimeer, want het bestaat uit drie onderdelen. Op een soortgelijke manier zijn de opeenvolgende namen: tetrameer (4), pentameer (5), hexameer (6), heptameer (7), octameer (8) enzovoort.
Behalve oligomeren kunnen monomeren ook leiden tot dimeren en polymeren.